Собственная сеть станций СКАНЭКС состоит из пяти приемных центров в Москве, Иркутске, Мурманске, Магадане и Мегионе, в каждом из которых находится от 2 до 4 станций. Географическое положение центров обеспечивает покрытие большей части территории России и прилегающих государств, а наличие нескольких станций в каждом центре — резервирование приема и разрешение конфликтов при работе с несколькими разными космическими аппаратами одновременно.

В 2023 г. ГК «СКАНЭКС» была включена в проект Дорожной карты развития высокотехнологичного направления «Перспективные космические системы и сервисы» в рамках Соглашений о сотрудничестве между бизнесом и государством по пяти «дорожным картам» и получила грант на расширение сети станций и модернизацию существующей сети до современного уровня. Специалисты компании в условиях импортозамещения создали опытный образец опорно-поворотного устройства, станции существующей сети модернизированы высокоскоростными демодуляторами с двумя каналами, а также обеспечена возможность принимать данные в формате DVB-S2 с любых спутников ДЗЗ, включая формат CubeSat.

Все оперативное управление сетью выполняется из общего центра и не требует наличия операторов на местах. Ежедневно в центре управления составляется общая программа (расписание) работы сети. Все последующие операции полностью автоматизированы: доставка расписания на каждую станцию, прием данных, ведение отчетов, их анализ и архивация. Взаимодействие выполняется через интернет посредством обмена файлами. Никаких специальных требований к линиям связи не предъявляется.