Собственная сеть станций СКАНЭКС состоит из четырех приемных центров в Москве, Иркутске, Магадане и Мегионе, в каждом из которых находится от 2 до 4 станций.

Географическое положение центров обеспечивает покрытие большей части территории России и прилегающих государств, а наличие нескольких станций в каждом центре — резервирование приема и разрешение конфликтов при работе с несколькими разными космическими аппаратами одновременно.

Все оперативное управление сетью выполняется из общего центра и не требует наличия операторов на местах. Ежедневно в центре управления составляется общая программа (расписание) работы сети. Все последующие операции полностью автоматизированы: доставка расписания на каждую станцию, прием данных, ведение отчетов, их анализ и архивация. Взаимодействие выполняется через интернет посредством обмена файлами. Никаких специальных требований к линиям связи не предъявляется.